Dinámica evolutiva de los retrotransposones ALU en el genoma humano
Year: 2011
Type: dissertation
Abstract: Los retrotransposones Alu son los elementos transponibles mas abundantes en el genoma humano. Desde su descubrimiento, se viene proponiendo que pueden haber jugado un papel relevante en la evolucion de los primates. Una caracteristica destacada a las Alus es su distribucion diferencial a lo largo de los cromosomas en funcion de su edad evolutiva: las Alus mas jovenes muestran una mayor densidad en regiones ricas en A+T, mientras que las mas antiguas son mas densas en regiones ricas en G+C. El objetivo principal de esta tesis es analizar la dinamica evolutivas las Alus en el genoma humano e identificar los principales factores implicados en la generacion y mantenimiento de su distribucion espacial a lo largo de los cromosomas.Para lograr este objetivo, se han implementado en primer lugar una serie de mejoras metodologicas:
1,- Desarrollo de una coleccion de programas en Perl para procesar los datos primeros generados por RepeatMAsker e IsoFinder.
2,- Correccion para sustituciones multiples, aplicada aqui por primera vez a los alineamientos de Alus, con objeto de estimar con mayor precision la edad evolutiva.
3,- Desarrollo de una tecnica de desfragmentacion de Alus para eliminar la habitual sobreestimacion de estos elementos y aproximar mejor su numero real en el genoma.
4,- Definicion precisa, mediante tecnicas in silico, de los trimeros de Alus y de las Alus solitarias, lo que ha permitido rastrear el genoma en busca de las huellas dejadas por la recombinacion.
5,- Desarrollo de una nueva medida, independiente de la densidad, para el estudio de la clusterizacion de las Alus.
A continuacion, comprando la densidad de elementos con diferente edad evolutiva en las distintas isocoras, se descartan algunos de los mecanismos propuestos para explicar el cambio de densidad: la interaccion Alu/LINE1 (competencia por la retrotransposasa), el ajuste composicional, y la seleccion positiva (acumulacion prefere
Author: Michael Hackenberg
Language: Spanish
Subfield: Genetics
Domain: Life Sciences
Open Access status: green
OpenAlex ID: W1903875139