Juosteisuuden Säilyttävien Rna-näytteenvalmistusmenetel- Mien Vertailu Uuden Sukupolven Sekvensointia Varten
Year: 2014
Type: article
Abstract: RNA-sekvensointia käytetään geeniekspressiotasojen, vaihtoehtoisen silmukoinnin ja yhden nukleotidin polymorfismien määrittämiseen sekä fuusiogeenien tutkimiseen. Saadun tiedon avulla voidaan ymmärtää eri geneettisten elementtien toimintaa, alkionkehitystä ja sairauksia. Tutkielman tarkoituksena oli verrata uusia juosteisuuden säilyttäviä RNA-näytteenvalmistusmenetelmiä uuden sukupolven sekvensointia varten (NGS). Uudelle menetelmälle oli esimerkiksi seuraavia vaatimuksia: nopea kirjastonvalmistusaika, pieni aloitusnäytemäärä ja juostespesifisyys. Juostespesifisyyden säilyminen on olennaista, jos lähdegenomia ei ole saatavilla tai esimerkiksi tutkittaessa vastinjuosteen koodaamia päällekkäisiä transkripteja. Työssä valmistettiin kaksi eri näytettä jokaisella neljällä vertailuun otetulla menetelmällä valmistajan ohjeiden mukaisesti. Toinen testinäytteistä oli ihmisen verestä eristetty RNA-näyte ja toinen oli BT474 solulinjanäyte. Vertailtavat menetelmät olivat: NEXTflex Directional RNA-Seq Kit (Bioo Scientific), NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit (New England BioLabs), ScriptSeq v2 RNA-Seq Library Preparation Kit (Epicentre) ja TotalScript RNA-Seq Kit (Epicentre). Laboratorion RNA-soveltuvaksi muokattua Nextera-menetelmää (Illumina, New England BioLabs), joka ei ole juostespesifinen, käytettiin vertailukohtana. Menetelmillä valmistetut RNA-kirjastot sekvensoitiin ja saatua sekvenssiaineistoa vertailtiin esimerkiksi dendogrammien, juosteisuuden ja transkriptien lukupeiton avulla. Saatuja tuloksia ja menetelmien käytettävyyttä vertailemalla päädyttiin siihen, että menetelmistä parhaiten laboratorion käyttöön soveltuva oli ScriptSeq v2 RNA-Seq Library Preparation Kit.
Source: Työväentutkimus Vuosikirja
Author: Anne Vaittinen
Language: Finnish
Subfield: Molecular Biology
Domain: Life Sciences
Open Access status: green
OpenAlex ID: W2273149954