LD Score regression for estimating and partitioning heritability of lipid levels in the Finnish population
Year: 2018
Type: article
Abstract: Erilaisten geneettisten tekijöiden vaikutusten määrittäminen on tärkeää, jotta voidaan ymmärtää biologiaa monitekijäisten ominaisuuksien taustalla. Periytyvyys on populaatioparametri, jolla estimoidaan geneettisten tekijöiden osuutta ilmiasun vaihtelussa. Viime aikoina tilastollisen genetiikan tavoitteena on ollut periytyvyyden estimoiminen genominlaajuisten assosiaatiotutkimusten (GWAS) tuloksista. GWAS:t ovat osoittaneet, että monitekijäisten ominaisuuksien ilmenemiseen vaikuttaa suuri joukko geenimuotoja, joilla on yksittäin pieni vaikutus. Koska yksittäiset vaikutukset ovat pieniä, on GWAS:n haasteena saavuttaa riittävä tilastollinen voima niiden havaitsemiseen. Tilastollista voimaa voidaan kasvattaa otoskokoa kasvattamalla, tyypillisesti meta-analyysiä hyödyntäen. Meta-analyysissä yhdistetään usean yksittäisen tutkimuskohortin tulokset, minkä seurauksena pääsy meta-analyysin pohjana oleviin yksilötason aineistoihin on useimmiten mahdotonta. Tutkielmassa perehdytään kytkentäepätasapainopistemääräregressio (LDSC) -menetelmään, joka arvioi periytyvyyttä regressoimalla GWAS-tulokset kytkentäepätasapaino (LD) -pistemääriä vasten. LD-pistemäärät mittaavat kuinka paljon geneettistä vaihtelua kukin geenimerkki ilmentää. Erityisesti LD-pistemäärät voidaan estimoida verrokkipaneelista, eikä yksilötason aineistoa tarvita. Lisäksi tutkielmassa perehdytään ositettuun LD-pistemääräregressioon (S-LDSC), jolla periytyvyys voidaan osittaa erilaisiin genomin toiminnallisiin luokkiin. Tutkielmalla on kolme tavoitetta. Ensimmäinen tavoite on kuvailla LDSC:ssa käytettävä tilastotiede. Toinen tavoite on arvioida eri LD-pistemäärien verrokkipaneelien vaikutusta lipiditasojen periytyvyyden estimointiin suomalaisessa populaatiossa vertailemalla GWAS-otoksen sisäistä paneelia ulkopuolisiin paneeleihin. Kolmas tavoite on osittaa eri lipiditasojen periytyvyys erilaisiin genomin toiminnallisiin luokkiin käyttäen S-LDSC-menetelmää. Tutkielmassa menetelmiä sovelletaan FINRISKI-tutkimukseen käyttäen neljää lipiditasomuuttujaa: HDL-, LDL- ja kokonaiskolesterolia sekä triglyseridejä. Tutkielmassa havaittiin, että LDSC oli vakaa LD-pistemäärän verrokkipaneelin valinnan suhteen, kun menetelmää sovellettiin suomalaiseen populaatioon. Periytyvyyden estimaatit olivat yhteneviä eri LD-pistemäärän verrokkipaneelien välillä huolimatta eroista LD-pistemäärissä. Suomalaiset paneelit tuottivat sekä suurimmat periytyvyyden piste-estimaatit että pienimmät sekoittavista tekijöistä johtuvaa harhaa kuvaavat piste-estimaatit, joskaan erot eivät olleet tilastollisesti merkitseviä. Analyysit periytyvyyden rikastumisesta toistivat useita aiemmin raportoituja tuloksia: rikastumista havaittiin esimerkiksi useissa histonimerkeissä kaikkien lidipitasojen kohdalla sekä super-vahvistajissa HDL-kolesteroli-, kokonaiskolesteroli- ja triglyseriditasojen kohdalla.
Source: Työväentutkimus Vuosikirja
Author: Heidi Hautakangas
Language: English
Subfield: Genetics
Domain: Life Sciences
Open Access status: green
OpenAlex ID: W2974524708