Identification of CircRNA Complexes Acting on miRNA Sponges within the Exosome in Patients with Alzheimer’s Disease: An In Silico Approach
Year: 2024
Type: article
Abstract: Objective: Alzheimer's disease (AD) is a neurodegenerative ailment that launches insidiously and progresses slowly, and its prevalence gradually increases with age.In a former study, we explored the plasma exosomal circular RNA (circRNA)-micro RNAs (miRNA) expression profiles in AD patients derived from next-generation sequencing data by scanning experimentally validated miRNA-target interaction databases.The current paper focused on computing the integration of circRNA-miRNA and RNA binding proteins (RBP) into the plasma exosomes using the output of our earlier study. Methods:We identified 24 upregulated circRNAs and 12 downregulated miRNAs from our previous paper.These were then subjected to prediction of circRNA-miRNA via the circMine web server and MiRNet.Subsequently, the circRNA Interactome web server was used to integrate the 24 circRNAs with RBPs.Finally, the obtained numeric scale results were visualized using R studio, ensuring the validity and reliability of our findings.Results: As an overall outcome of calculations, we found CNTN4, SH3BGRL, THOC2, CGGBP1, FLNA, ATP6V1A, and UBN1 from queried 24 circRNAs linked to AD pathology, proposing that circRNAs complexes composed of RBPs and miRNAs might be considered empirically under oncoming studies.ÖZ Amaç: Alzheimer hastalığı (AH), sinsi başlayan ve yavaş ilerleyen, prevalansı yaşla birlikte giderek artan nörodejeneratif bir hastalıktır.Önceki bir çalışmada, deneysel olarak doğrulanmış miRNA-hedef etkileşim veritabanlarını tarayarak next-generation sequencing verilerinden elde edilen AH'li hastalarda plazma eksozomal dairesel RNA (circRNA)-mikro RNA'lar (miRNA) ekspresyon profillerini araştırdık.Mevcut makale, önceki çalışmamızın çıktısını kullanarak circRNA-miRNA ve RNA bağlayıcı proteinin (RBP) plazma eksozomlarına entegrasyonunu hesaplamaya odaklandı.Yöntemler: Önceki makalemizden 24 yukarı regüle edilmiş circRNA ve 12 aşağı regüle edilmiş miRNA tanımladık.Bunlar daha sonra circMine web sunucusu ve MiRNet aracılığıyla circRNA-miRNA'nın tahminine tabi tutuldu.Daha sonra, 24 circRNA'yı RBP'lerle entegre etmek için circRNA Interactome web sunucusu kullanıldı.Son olarak elde edilen sayısal ölçek sonuçları R studio kullanılarak görselleştirilerek bulgularımızın geçerliliği ve güvenirliği sağlanmıştır.
Source: Bezmialem Science
Authors: Rabia KALKAN CAKMAK, Nail BESLI, Bahar SARIKAMIS JOHNSON, Nilufer ERCIN, Hayati Sencer POLAT, Ulkan KILIC
Institution: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
Language: English
Topic: Circular RNAs in diseases
Subfield: Molecular Biology
Domain: Life Sciences
Open Access status: diamond
OpenAlex ID: W4404046527