sRNAminer: a multifunctional toolkit for next-generation sequencing small RNA data mining in plants
Year: 2025
Type: article
Abstract: 植物小 RNA 的长度为 20-24 个核苷酸(Nucleotide，nt) ，通常分为两类：微小 RNA (miRNA)和小干扰 RNA (siRNA) [1,2] 。在 siRNA 中，相位 siRNA (phasiRNA) [3,4] 和异染色 质 siRNA (hc-siRNA) [5] 是主要的亚类。 这些小 RNA 在植物生长发育中发挥着重要作用， 比如 miR156 的过表达植株会表现出营养生长期延长和开花迟的表型 [6] ；miR172 在翻译 水平抑制 AP2 的表达，从而影响花器官的发育 [7] ；miR482/2118 通过靶向非编码 PHAS 基因产生 phasiRNA 调控 GID1 的表达参与赤霉素信号的传导 [8] ；hc-siRNA 能够介导 MITEs 的 DNA 甲基化来调控水稻分蘖 [9] 等。 随着高通量测序技术的快速发展，目前已有多款工具被开发并用于植物小 RNA 的 研究。其中，miRDeep-P2 [10] ，Mirnovo [11] ，miR-PREFeR [12] , Shortstack [13] 和 miRador [14] 用于 miRNA 鉴定；PhaseTank [15] 和 Shortstack [13] [16] ，需要人工进行检查。目前仍 缺少可用于高效人工检查小 RNA 分析结果的工具。 为了解决上述问题，本课题组研发了 sRNAminer [17] ，一款专门针对植物小 RNA 进
Authors: Guanliang Li, Chengjie Chen, Rui Xia
Language: English
Subfield: Plant Science
Domain: Life Sciences
SDG: Zero hunger
Open Access status: bronze
OpenAlex ID: W4409470519