Work

Use of Deep Amplicon Sequencing Based on the Cytochrome Oxidase I Gene to Quantify the Relative Percentages of Eimeria spp. Oocysts in Poultry Litter

Year: 2025

Type: article

Abstract: Uso de la secuenciación profunda de amplicones basada en el gene de la citocromo oxidasa I para cuantificar los porcentajes relativos de ooquistes de Eimeria spp. en las camas avícolas. El propósito de este estudio fue evaluar un enfoque de secuenciación profunda de amplicones para estimar la abundancia relativa de diferentes ooquistes de Eimeria spp. en la cama de granjas comerciales de pollos de engorde que pueden o no estar experimentando infecciones de enteritis necrótica (EN). Se utilizaron iniciadores oligonucleotídicos dirigidos al gene mitocondrial de la citocromo oxidasa I (COI), una secuencia conservada en todas las especies de Eimeria en pollos, para amplificar mediante PCR el ADN de ooquistes de Eimeria acervulina, Eimeria maxima y Eimeria tenella. La amplificación del gene de la citocromo oxidasa I se aplicó a muestras que contenían una sola especie de Eimeria o una mezcla con partes iguales de ooquistes de E. acervulina, E. maxima y E. tenella. La secuenciación de amplicones y el mapeo de las secuencias relevantes del gene de la citocromo oxidasa I en la base de datos GenBank confirmaron el mapeo esperado de ∼100% a la Eimeria sp. apropiada y en porcentajes aproximadamente iguales (∼33%) para mezclas con números iguales de ooquistes de Eimeria spp. Este enfoque se aplicó luego al ADN derivado de ooquistes de Eimeria obtenidos a las 0, 2 y 4 semanas después de la colocación de los pollitos (crecimiento) de un total de 20 casetas individuales en seis granjas comerciales diferentes de pollos de engorde. De las siete Eimeria spp. que se sabe que infectan pollos, solo cinco se encontraron consistentemente en la cama en cada punto de tiempo de recolección: E. acervulina, E. maxima, E. mitis, Eimeria praecox y E. tenella. Los números relativos de E. maxima y de Eimeria diferentes de E. máxima (Eamipt) en todas las muestras de cama, estimados mediante secuenciación profunda de amplicones de la citocromo oxidasa I, mostraron una correlación moderada con los respectivos recuentos de ooquistes de E. maxima o Eamipt (R ∼ 0.30). Los resultados revelaron un fenómeno interesante que respalda el papel de E. mitis en la predisposición de los pollos a la enteritis necrótica. En este estudio, el porcentaje de E. mitis, estimado mediante secuenciación profunda de amplicones a las 0, 2 y 4 semanas de engorde, mostró una fuerte correlación positiva con la incidencia de enteritis necrótica (0 semanas, R = 0.57; 2 semanas, R = 0.52; 4 semanas, R = 0.61). Este estudio demuestra la utilidad de un enfoque de secuenciación profunda de amplicones para estimar la abundancia relativa de diferentes ooquistes de Eimeria que infectan pollos, ya que permite realizar las reacciones en un solo tubo, evitando así los análisis de PCR de la región espaciadora transcrita interna 1 (ITS1) específicos de cada especie, que requieren mucho tiempo y esfuerzo. Más importante aún, permite explorar las relaciones entre la incidencia de enteritis necrótica y la abundancia de especies menores de Eimeria, que se habrían pasado por alto mediante el recuento de ooquistes o la PCR de zona espaciadora transcrita interna 1, ya que la mayoría de las especies de Eimeria no son distinguibles mediante microscopía, y la PCR de la región espaciadora transcrita interna 1 no es cuantitativa.

Source: Avian Diseases

DOI: 10.1637/aviandiseases-d-25-00006