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Evaluation De L'impact De La Conservation Sur La Viabilite Et La Cultivabilite Du Microbiote Intestinal Humain.

Year: 2019
Type: dissertation
Abstract: Le microbiote intestinal humain abrite un grand nombre de micro-organismes qui jouent un rôle crucial dans la santé humaine. Cependant, le nombre de bactéries détectées par des méthodes quantitatives indépendantes de la culture s'est révélé beaucoup plus élevé que celui des bactéries cultivées sur des géloses. Cet écart est connu sous le nom de la « Great plate count anomaly ». L'objectif principal de ce travail était d'expliquer ''l’incultivabilité" des bactéries intestinales et de maintenir leur viabilité. Dans ce travail, nous avons constaté que l'exposition à l'oxygène pendant plus d'une heure réduisait la cultivabilité des bactéries à 50%. De plus, lorsque les échantillons ont été exposés à l'oxygène pendant moins de 2 minutes, la cultivabilité a augmenté à 87%. Ce dernier résultat suggère que la non-cultivabilité pourrait être due au fait que les bactéries sensibles à l'oxygène étaient à l'état viable mais non cultivable, ou qu'elles étaient blessées ou mortes. Ce résultat a été confirmé lorsque nous avons séquencé les bactéries vivantes, blessées et mortes triées par le FACS. 28 % des UTOs correspondaient à des bactéries mortes, dont environ deux tiers étaient inconnues, et la majorité de ces bactéries étaient sensibles à l’oxygène. D'autre part, notre nouveau milieu protecteur a démontré son efficacité sur les échantillons fécaux et les bactéries sensibles à l'oxygène. En conclusion, notre étude nous a permis d’explorer la « dark matter » du microbiote intestinal humain et a révélé que la métagénomique et l'approche culturomics sont nécessaires pour bien comprendre la diversité et la richesse des bactéries cultivables et non cultivables.
Author: Sara Bellali
Language: French
Open Access status: green
OpenAlex ID: W3015956991
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