Ensamblado y análisis comparativo de metagenomas de rumen vacuno
Year: 2022
Type: dissertation
Abstract: Los rumiantes pueden transformar la energía almacenada en las plantas en productos \nalimenticios que pueden ser utilizados por los humanos, como la carne y la leche. \nLa microbiota del rumen está compuesta por protozoos, bacterias, hongos y arqueas, que son \nresponsables de la degradación del material vegetal. \nA pesar del fuerte interés industrial y científico, el rumen sigue siendo un hábitat poco \nconocido, con muchas especies y cepas microbianas no cultivadas. La secuenciación \nmetagenómica del rumen produce secuencias muy novedosas, que pueden ser de gran interés \npara las industrias de biocombustibles, alimentos y biotecnología. En este trabajo, los \nmetagenomas de muestras de rumen fueron obtenidos de vacas regionales jóvenes y adultas \nalimentadas con una dieta rica o pobre con el objetivo de ensamblar nuevos genomas. El \nADN fue extraído y secuenciado por WGS. Luego, las lecturas se filtraron por calidad y se \nensamblaron con Megahit. La calidad de los contigs se evaluó con el software QUAST, y \nBWA MEM se usó para asignar lecturas a los ensamblajes. El binning se realizó con \nMetabat2 usando los contigs obtenidos, y archivos BAM correspondientes a alineaciones de \nlecturas. Se recuperaron de 12 a 31 bins por muestra, y se evalúo su integridad y \ncontaminación mediante CheckM. El filtrado de estos por completitud ≥80% y \ncontaminación ≤10%, generó entre tres y cinco genomas ensamblados de metagenomas \n(MAGs) por muestra. La asignación taxonómica se llevó a cabo utilizando el servidor MiGA, \nlo cual permitió identificar organismos asociados al tracto gastrointestinal y la degradación \nde material vegetal. La predicción de genes se llevó a cabo mediante Prodigal. Con esta \ninformación, se determinó el perfil metabólico utilizando el programa Genomaple, el cual \npermitió obtener un análisis global de las principales vías presentes en los metagenomas. \nDebido a la importancia de las enzimas activas sobre carbohidratos (CAZymas) en el rumen, \nse realizó un estudio de las CAZymas presentes en las muestras, identificándose \nposteriormente aquellas enzimas no ortólogas a la base de datos de proteínas ruminales \nRumiRef, lo cual sugeriría que estas proteínas son únicas en las muestras analizadas
Author: Ricardi, Laura Lis
Language: Spanish
Subfield: Animal Science and Zoology
Domain: Life Sciences
SDG: Zero hunger
Open Access status: green
OpenAlex ID: W7019094579