Étude transcriptomique des cellules épithéliales nasales obtenues par brossage lors de l’infection à SARS COV-2
Year: 2024
Type: dissertation
Study design: Observational Study
Abstract: Introduction : selon l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), la pandémie de COVID-19 a affecté plus de 770 millions de personnes, entraînant le décès de plus de 7 millions de personnes à l'échelle mondiale. Les voies aériennes supérieures jouent un rôle fondamental dans l'élimination des agents pathogènes inhalés afin de prévenir leur dissémination dans les voies respiratoires inférieures et de limiter les dommages tissulaires pulmonaires. Différentes études transcriptomiques montrent que les interactions entre cellules épithéliales mais également entre cellules épithéliales et cellules immunitaires contribueraient probablement aux lésions inflammatoires accrues des tissus notamment pulmonaires observées dans la COVID-19 sévère. Toutefois, aucune ne s’est attelée à mettre en évidence une signature transcriptomique propres aux formes sévères ou critiques. L’objectif de notre étude était donc de mettre en évidence des gènes cibles associés à la sévérité clinique de l’infection COVID-19, sur des brossages nasaux de patients atteints de COVID-19 sévère ou critique, afin d’obtenir une signature transcriptomique nasale associée aux formes critiques de COVID-19. Matériel et méthodes : pour être inclus, les patients devaient avoir une PCR SARS-CoV2 positive sur écouvillon nasal et une oxygénorequérance avec nécessité d’hospitalisation, soit en service conventionnel, soit en réanimation. Les patients ont été inclus dans l’étude de janvier 2021 à avril 2021 à l’Hôpital Nord de Marseille avec un premier brossage nasal à l’inclusion, suivi d’un deuxième brossage nasal chez les patients lors de l’intubation orotrachéale lorsqu’elle était indiquée. Afin d’analyser le transcriptome de ces échantillons plusieurs étapes ont été nécessaires : l’extraction des ARNs totaux, l’analyse du transcriptome par RNAseq, puis les analyses bio-informatiques et statistiques. Résultats : Pour l’analyse transcriptomique, nous avons sélectionné, sur la base de leur qualité et quantité, les ARNs totaux de 10 patients ayant nécessité une ventilation mécanique invasive (groupe IOT) et de 10 patients ayant nécessité une oxygénothérapie par lunettes simples ou par Oxygénothérapie à haut débit (groupe OHD + Lunettes). Cette analyse a mis en évidence une différence d’expression significative pour 13 gènes. Parmi ces 13 gènes, 6 sont sous exprimés dans le groupe IOT : FSTL1, IGLC2, IGLC3, APOBEC3A, EREG, et UCA1. A l’inverse, 7 gènes sont surexprimés dans le groupe IOT versus le groupe OHD + lunettes : SSPO, REP15, CDK15, EYS, TSHR, DQX1, KYAT1. Le gène APOBEC3A était retrouvé exprimé différemment en fonction l’intensité de l’oxygénothérapie mais également en fonction de l’obésité. L’obésité serait donc un facteur confondant dans l’expression du gène APOBEC3A. Conclusion : notre étude met ainsi en évidence des gènes potentiellement associés à la sévérité clinique de l’infection par COVID-19 permettant de prédire l’évolution vers une forme critique de la maladie sur une méthode non invasive. En cas de réapparition d’une grande proportion de forme grave, ce travail pourrait donner lieu à des études ultérieures qui s’attacheraient à confirmer cette signature transcriptomique sur une plus large cohorte. Ainsi, nous pourrions imaginer prédire l’évolution vers une forme critique et modifier la stratégie thérapeutique en amont. Ces résultats apportent également de nouvelles pistes qui demandent à être confirmées par des études fonctionnelles, dans le but d’améliorer la compréhension des mécanismes conduisant à des formes sévères de COVID-19.
Source: HAL AMU
Author: Nouvel, Julia
Institution: Aix-Marseille Université
Language: French
Subfield: Infectious Diseases
Field: Medicine
Domain: Health Sciences
Open Access status: green
OpenAlex ID: W7046858926