Generische ETL-Codebasis zur Gesundheitsdatentransformation aus dem EAV-Modell in das OMOP Common Data Model
Year: 2025
Type: article
Abstract: Die Standardisierung von Gesundheitsdaten ist entscheidend, um multizentrische Forschung zu ermöglichen, die klinische Entscheidungsfindung zu verbessern und die Reproduzierbarkeit datenbasierter Erkenntnisse sicherzustellen. Gesundheitsinstitutionen speichern ihre Daten jedoch oft in heterogenen Formaten und institutionsspezifischen Datenmodellen. Ein Beispiel ist das an der Medizinische Universität Wien (MedUni Wien) eingesetzte flexible Entity-Attribute-Value (EAV)-Modell, das auf die Bedürfnisse der Institution zugeschnitten ist. Solche individuellen Modelle erschweren die semantische Interoperabilität und die Integration klinischer Daten.Zur Bewältigung dieser Herausforderung stellt diese Arbeit einen generischen Extract, Transform, Load (ETL)-Prozess vor, der Gesundheitsdaten aus dem EAV-Modell der MedUni Wien in das Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP) Common Data Model (CDM) überführt. Ziel ist ein wiederverwendbares und erweiterbares ETL-Framework, das sich an verschiedene Datensätze und Anwendungsfälle anpassen lässt. Die Entwicklung erfolgte iterativ und feedbackbasiert auf Basis domänenspezifischer Anforderungen und verband konzeptionelle Modellierung, Implementierung und Evaluation. Der Prototyp wurde anhand von zwei Evaluationsszenarien mit realen Daten der MedUni Wien validiert: automatisierte Überwachung von hospital-onset bacteremia and fungemia (HOB) sowie breast cancer benchmarking (BCB). In beiden Fällen gelang die erfolgreiche Transformation heterogener Quelldaten in das OMOP CDM, womit die Anpassungsfähigkeit an unterschiedliche klinische Domänen belegt wurde.Die Evaluation zeigt, dass das System strukturelle Variabilität bewältigen und in verschiedenen Anwendungsfällen eingesetzt werden kann. Während im HOB-Fall effiziente Laufzeiten erreicht wurden, führten die umfangreicheren BCB-Daten zu längeren Verarbeitungszeiten und verdeutlichten Optimierungspotenzial bei großen Datenmengen. Beide Szenarien bestätigten die korrekte Transformation und die Erweiterbarkeit des Frameworks.Die Ergebnisse belegen, dass eine flexible und strukturierte ETL-Strategie die zuverlässige Transformation EAV-basierter Gesundheitsdaten in das OMOP CDM ermöglicht und zu Standardisierung und Interoperabilität in klinischen Datenumgebungen beitragen kann.
Source: reposiTUm (TU Wien)
Author: Düsseldorf, Heike
Institution: TU Wien
Language: English
Subfield: Health Information Management
Field: Health Professions
Domain: Health Sciences
Open Access status: green
OpenAlex ID: W7093087735
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