Análise da seletividade de inibidores dipeptidil nitrilas: validando a especificidade por cisteíno proteases
Year: 2025
Type: dissertation
Abstract: me ouvir, mesmo sem entender nada.Aos meus amigos da Colômbia, Yeison, Josué, Kerly, Melissa e Juliana, muito obrigado por todo o apoio que me deram nos momentos em que eu queria desistir.Agradeço por esse apoio incondicional e por acreditarem em mim.Ao meu ex-orientador, Prof. Dr. Elkin, por ter me incentivado, lá em 2020, a começar minha carreira acadêmica.Obrigado por me mostrar que o caminho da ciência pode ser fácil e divertido.O pequeno gafanhoto está finalmente alcançando todos aqueles sonhos.Também sou grato à CAPES pela bolsa acadêmica, sem a qual isso não teria sido possível.Da mesma forma, ao IQSC, por ter me proporcionado um ambiente de trabalho extraordinário, repleto de pessoas capacitadas e profissionais.RESUMO O grupo de pesquisa já planejou, sintetizou e validou mais de 800 compostos direcionados a enzimas como catepsinas L (CTSL), K, S, e B de humanos.Com base nesse acervo, selecionamos sete compostos que ainda não haviam sido avaliados em estudos de perfil de seletividade para identificar possíveis novos alvos macromoleculares e identificar o seu perfil bioativo.A seleção dos compostos foi realizada por meio de mineração de dados, utilizando um banco de dados interno.Foram selecionadas moléculas que não possuíam dados de ensaios bioquímicos prévios e a presença de características estruturais específicas.Para elucidar o perfil de seletividade, foram conduzidos estudos de target fishing utilizando compostos com valores de pKi para a CTSL previamente determinados em nosso grupo.Posteriormente, realizaram-se análises mais detalhadas, incluindo docking molecular, simulações de dinâmica molecular e ensaios enzimáticos.Os resultados indicaram que os compostos apresentam seletividade significativa para cisteíno proteases em comparação a outras classes de proteases, como as metaloproteases (MMPs) e as liases.Observou-se que o grupo reativo é determinante para essa seletividade, sendo que a distância entre o carbono eletrofílico do ligante e o enxofre da cisteína se mostrou crucial para a inibição efetiva das catepsinas.Ademais, foi verificado que a distribuição dos substituintes nos compostos estudados está diretamente relacionada ao posicionamento nos subsítios presentes no sítio ativo das proteases, influenciando de forma significativa o perfil de inibição e seletividade.Nenhum dos derivados de dipeptidil nitrila apresentou atividade in vitro frente aos alvos macromoleculares selecionados no target fishing, o que confirmou o resultado do docking molecular, que indicava um posicionamento inadequado das moléculas no sítio ativo das enzimas.Finalmente, dois compostos (1031 e 1025) foram analisados por dinâmica molecular para diferenciar a potência frente a catepsina L, demonstrando que houve relação entre potência in vitro e conformação in silico.Assim, este método computacional multinível demonstrou uma adequada filtragem dos compostos frente aos possíveis alvos macromoleculares, demonstrando a seletividade para as cisteíno catepsinas.
Author: Edwin Leonel Bonilla Rozo
Language: Portuguese
Subfield: Cancer Research
Domain: Life Sciences
Open Access status: green
OpenAlex ID: W4412198331