Enhancing Early-Stage Drug Discovery through Biophysical Approaches
Year: 2026
Type: dissertation
Abstract: Accelerar el procés de descobriment de fàrmacs requereix estratègies efectives per trobar molècules prometedores i la caracteritzar les proteïnes. Aquesta tesi presenta mètodes computacionals que són escalables, pràctics i centrats en les primeres etapes del descobriment de fàrmacs. En primer lloc, hem desenvolupat un algoritme de cribratge virtual que recupera de manera eficient molècules actives de biblioteques químiques ultra grans a un cost computacional assequible. Es pot aplicar tant a cribratges basats en lligands com en proteïnes. Paral·lelament, hem desenvolupat una funció de puntuació hidropàtica derivada de la mecànica quàntica per a la complementarietat proteïna-lligand que avalua la conformació bioactiva per sobre de les altres. En segon lloc, hem creat GPCRmd-NMR, una plataforma d'accés obert que integra simulacions de dinàmica molecular amb dades de desplaçament químic. Aquesta eina permet als usuaris vincular els resultats experimentals de la NMR amb estats conformacionals de proteïnes i dona suport a tasques com l'assignació de senyals i facilita la caracterització del residus. En conjunt, aquestes contribucions tenen com a objectiu millorar l'eficiència i l'accessibilitat de les eines computacionals per al descobriment de fàrmacs en etapes primerenques.
Author: Medel Lacruz, Brian
Language: English
Subfield: Computational Theory and Mathematics
Field: Computer Science
Domain: Physical Sciences
Open Access status: green
OpenAlex ID: W7128942393
Cites:
Cited by:
Related to: