VALIDAÇÃO DOS BIOMARCADORES LAMP5 E SKIDA1 PARA PREDIÇÃO DE KMT2A-r EM LEUCEMIAS LINFOBLÁSTICAS AGUDAS

Year: 2026

Type: article

Abstract: Introdução As leucemias agudas (LA) são neoplasias hematológicas agressivas, iniciadas a partir de alterações genéticas. Os rearranjos em KMT2A (KMT2A-r) são uma alteração comum em pacientes na idade precoce (menores que 2 anos) e ocorrem em torno de 80% dos lactentes com leucemia linfoblástica aguda (LLA). Como os KMT2A-r podem ocorrer com mais de 100 parceiros de fusão diferentes, um biomarcador de diagnóstico é muito útil na determinação dessas alterações genéticas. A detecção da expressão de CSPG4 (NG2) por citometria de fluxo tem sido amplamente empregada para predizer se os pacientes apresentam KMT2A-r. Porém, pesquisas prévias indicaram a ocorrência de resultados falso-negativos associados ao uso desse biomarcador. Sendo assim, um estudo nosso recente utilizou o método de aprendizado de máquina e identificou que os genes LAMP5 e SKIDA1 podem ser biomarcadores ainda mais precisos para a predição de KMT2A-r. Objetivo Validar os biomarcadores LAMP5 e SKIDA1 como alternativas mais eficientes que o CSPG4 para a predição de KMT2A-r em LAs. Materiais e métodos Para a validação, usamos os bancos de dados TARGET-ALL-P2, Pan-Acute Lymphoblastic Leukemia (PanALL) do St. Jude Children’s Hospital e casos de LLA-B ou -T diagnosticados entre 2018 e 2026, sendo que os casos de 2021 em diante foram tratados segundo o protocolo GBTLI-2021 e incluídos no Consórcio Genomas Câncer Brasileiro (GenLAb-INCA). Usamos os pipelines rnafusion e rnaseq do nf-core para as análises secundárias e definição do status mutacional de KMT2A e expressão gênica. O ambiente R foi utilizado para análises dos dados. Resultados Foram incluídos 407 casos do TARGET, 735 do St.Jude e 274 do GenLAb, totalizando 1416 diagnosticados com LLA, sendo 41% do sexo feminino e 59% masculino. Destes, a proporção de pacientes com LLA-B foi 78,2% e a de LLA-T foi 21,8%. Separamos os pacientes em dois grupos: com KMT2A-r (n=34) e KMT2A-WT (n=1382) e definimos a diferença de expressão dos biomarcadores entre os grupos. Os genes SKIDA1 (p= <2e-16) e LAMP5 (p= 1,4e-11) foram significativamente superexpressos no grupo KMT2A-r em comparação com KMT2A-WT e também vimos uma diferença de expressão significativa em CSPG4 (p= 5e-8). Além disso, observamos que SKIDA1 (AUC: 0.922) e LAMP5 (AUC: 0.855) performaram melhor que CSPG4 (AUC: 0.789) e os valores preditivos (VPP, VPN) foram calculados para cada biomarcador respectivamente, SKIDA1 (0.045; 1), LAMP5 (0.045; 1) e CSPG4 (0.037; 0.99). Conclusões: Os resultados prévios mostram que LAMP5 e SKIDA1 têm desempenho superior ao CSPG4 na predição de KMT2A-r. O baixo VPP observado reflete a baixa prevalência de KMT2A-r na amostra, e não necessariamente uma limitação diagnóstica, o que é confirmado pelo elevado número de verdadeiros negativos. Esse padrão indica que os biomarcadores são mais úteis para excluir do que para confirmar o rearranjo, sendo necessária a confirmação diagnóstica por técnicas complementares. A análise por curvas ROC reforça o potencial desses genes como marcadores de triagem. Já a validação definitiva requer maior número de casos positivos para confirmar a robustez e a aplicabilidade clínica dos achados. Apoio financeiro Programa Genomas Brasil, Ministério da Saúde, Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia (INCT) em Genômica do Câncer e Medicina de Precisão para o SUS, CNPq, FAPERJ, Swiss Bridge Foundation e The Alexander Von Humboldt Foundation. Agradecimentos Consórcio Genomas Câncer Brasileiro, GBTLI e co-autores.

Source: Hematology Transfusion and Cell Therapy

DOI: 10.1016/j.htct.2026.107702

Institution: Instituto Nacional de Câncer - INCA

Language: English

Topic: Acute Lymphoblastic Leukemia research

Subfield: Hematology

Field: Medicine

Domain: Health Sciences

SDG: Good health and well-being

Open Access status: diamond

OpenAlex ID: W7223090317