Desempenho Do Sequenciamento De Painel Mieloide E De Exoma Na Detecção De Variantes Somáticas Em Pacientes Com Neoplasia Mielodisplásica
Year: 2026
Type: article
Study design: Observational Study
Abstract: Introdução O sequenciamento de nova geração (NGS) ultraprofundo possibilita a detecção de variantes somáticas de baixa frequência alélica, potencialmente não identificadas por abordagens de menor profundidade, ampliando a sensibilidade da caracterização molecular e o monitoramento da evolução clonal em neoplasia mielodisplásica (SMD). Objetivos Comparar o desempenho do sequenciamento ultraprofundo de um painel de genes relacionados a neoplasias mieloides em sangue periférico (SP) e medula óssea (MO) com a do sequenciamento do exoma completo (WES) em MO para detecção de variantes somáticas e caracterização molecular de pacientes com SMD. Metodologia: Foram incluídos 11 pacientes com SMD, idade mediana de 76 anos (62–86), 3 mulheres e 8 homens; classificação IPSS-R muito baixo: 8%, baixo: 27%, intermediário: 9%, alto: 27% e muito alto: 18%. Amostras pareadas de SP e MO foram submetidas à extração de DNA e analisadas por painel customizado (IDT) de 50 genes relacionados às neoplasias mieloides. Amostras pareadas de MO e fibroblastos foram submetidas ao sequenciamento de exoma completo (WES). As bibliotecas foram sequenciadas na plataforma NovaSeq X Plus (Illumina) com cobertura-alvo de 10.000× e cobertura média com UMI de 1.928×. Foram consideradas variantes somáticas com frequência alélica variante (VAF) ≥2% após correção por UMI. O WES foi realizado na mesma plataforma com cobertura-alvo de 500× e cobertura média de 536,3×. Foram consideradas variantes somáticas com VAF ≥2%. As análises bioinformáticas foram conduzidas no BaseSpace. As variantes foram classificadas conforme as recomendações ClinGen/CGC/VICC (PMID: 35101336), sendo incluídas apenas variantes classificadas como provavelmente oncogênicas ou oncogênicas. Resultados O NGS ultraprofundo utilizando um painel de genes mieloides permitiu a identificação de 14 variantes somáticas nos 11 pacientes (100%). Foram detectadas variantes em TP53 (29%), SF3B1 (14%), SRSF2 (14%), TET2 (14%) e ZRSR2 (7%), IDH2 (7%), RUNX1 (7%) e U2AF1 (7%). A análise pareada entre SP e MO mostrou elevada concordância, com 12/14 (85%) variantes compartilhadas. O WES na MO detectou 6/14 (43%) variantes observadas no painel ultraprofundo, sendo que 8/14 (57%) variantes foram detectadas exclusivamente no painel. O sequenciamento do painel direcionado alcançou cobertura média em torno de 4 vezes superior à do WES, detectando variantes com VAF de 2% a 46%. O WES detectou variantes com VAF entre 5% e 43%. Em três pacientes com seguimento pós-tratamento, observou-se remodelamento clonal. O WES em fibroblastos não identificou variantes germinativas associadas à predisposição para SMD. Conclusões: A menor detecção de variantes pelo exoma não dependeu exclusivamente do VAF, mas também de outros fatores como baixa eficiência de captura e de características intrínsecas de determinadas regiões genômicas, como alto conteúdo GC e baixa mapeabilidade de algumas regiões, fatores que reduzem a sensibilidade do WES, reforçando o melhor desempenho do painel para detecção de variantes somáticas. A elevada concordância entre SP e MO reforça o potencial do SP como complementar para a avaliação molecular por painel ultraprofundo. A validação e o conhecimento das limitações das diferentes metodologias de sequenciamento em larga escala são fundamentais para garantir a caracterização molecular adequada, a estratificação de risco e a tomada de decisão clínica em pacientes com SMD.
Authors: Artur Bernardo Ribeiro BELLOMI, Matheus Nascimento CARVALHO, Francine CHENOU, Manuela Albuquerque MELO, João Henrique NOGUEIRA, Fernanda Borges SILVA, Leonardo Carvalho PALMA, Anemari Ramos Dinarte BACCARIN, Fernanda Borchers COELI-LACCHINI, Leandro Machado COLLI, Patricia Cássia RUY, Diego Antonio PEREIRA-MARTINS, Fabíola TRAINA
Language: English
Subfield: Hematology
Field: Medicine
Domain: Health Sciences
Open Access status: diamond
OpenAlex ID: W7223101451