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Cariotipagem Ômica a Partir Da Integração De Dados Genômicos E Transcriptômicos Em Pacientes Pediátricos Com Leucemia Mieloide Aguda

Year: 2026

Type: article

Abstract: Introdução A leucemia mieloide aguda (LMA) é uma doença hematológica heterogênea, com diversas alterações citogenéticas e moleculares fundamentais para a estratificação de risco prognóstico. Embora a citogenética convencional seja o padrão-ouro para a identificação do cariótipo, apresenta limitações na detecção de alterações estruturais complexas e rearranjos crípticos relevantes para definição da conduta terapêutica. Nesse contexto, o sequenciamento de nova geração (NGS), como o do genoma completo (WGS) e do transcriptoma (RNA-seq), surge como alternativa à cariotipagem convencional, oferecendo maior resolução e sensibilidade na análise dessas alterações. Objetivos Implementar e validar análises multi-ômicas para a caracterização cariotípica em pacientes pediátricos com LMA, incluindo a análise do gene TP53 como marcador de instabilidade genômica e associação com a complexidade cariotípica. Material e métodos Foram incluídas amostras de três séries independentes. A série de descoberta utiliza dados de RNA-seq e WGS do St. Jude Children's Hospital, para o desenvolvimento dos pipelines de análise. A série de validação é composta por amostras do banco TARGET. A série de implementação inclui pacientes pediátricos com LMA (2020-2026), registrados no GenLAb-INCA e incluídos no Consórcio Genomas Câncer Brasileiro, caracterizados por RNA-seq para identificar fusões gênicas e WGS para alterações estruturais e variações no número de cópias. As análises de bioinformática utilizam pipelines do nf-core: rnafusion (fusões gênicas) e sarek (alterações estruturais e ploidia). Resultados Foram incluídos 371 pacientes na série de descoberta, 960 na de validação e 70 na de implementação, com predomínio do sexo masculino nas três coortes. A mediana de idade foi de 11, 10 e 9,5 anos, respectivamente. Foram analisados dados de RNA-seq de 100 pacientes da série de descoberta: 25% apresentaram fusões gênicas definidoras de prognóstico, sendo o rearranjo de KMT2A a alteração mais frequente; 58% não apresentaram fusões detectáveis e 17%, fusões não recorrentes. Nessa coorte, houve discordância entre a análise do RNA-seq e citogenética convencional em 24% dos casos. Dos 9 pacientes com NUP98::NSD1 identificados por RNA-seq, a citogenética convencional não detectou a fusão, apresentando cariótipo normal em todos esses casos. Na série de implementação, foram analisados dados de RNA-seq de 57 pacientes: 47% apresentaram fusões gênicas recorrentes, sendo PML::RARA a mais frequente; 37,5% não apresentaram fusões e 15,5%, fusões não recorrentes. A análise de alterações numéricas por WGS foi realizada em 29 pacientes, dos quais 69% apresentaram cariótipo normal. Entre os pacientes com alteração de ploidia, 3 apresentaram trissomia do cromossomo 8 e 2, monossomia do cromossomo 7. A integração do RNA-seq e WGS nessa coorte confirmou o cariótipo dos pacientes nos casos com dados citogenéticos disponíveis. Conclusão A associação das técnicas ômicas demonstra potencial para aprimorar a caracterização citogenética de pacientes pediátricos com LMA, ao identificar translocações crípticas não detectadas pela cariotipagem convencional. Como perspectiva, será analisada a série de validação e a associação entre mutações em TP53 e complexidade cariotípica nas três coortes.

Source: Hematology Transfusion and Cell Therapy

DOI: 10.1016/j.htct.2026.107566

Institutions: Instituto Nacional de Câncer - INCA, Hospital Araújo Jorge, Faculdade de Medicina de Marília, Beneficência Portuguesa de São Paulo, Instituto de Medicina Integral Professor Fernando Figueira

Language: English

Topic: Acute Myeloid Leukemia Research

Subfield: Hematology

Field: Medicine

Domain: Health Sciences

SDG: Good health and well-being

Open Access status: diamond

OpenAlex ID: W7223150639

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