Exploitation de la technologie de séquençage par Nanopore pour la caractérisation génomique de Campylobacter Spp. prélevés en abattoir de volailles de chair
Year: 2026
Type: dissertation
Abstract: Campylobacter constitue aujourd’hui un enjeu majeur de santé publique en raison de son caractère zoonotique et de l’apparition de résistances aux antibiotiques. Dans cette étude, la technologie du séquençage par Nanopore a été utilisée afin de caractériser le génome d’échantillons de Campylobacter prélevés à différentes étapes de deux chaînes d’abattage de volailles de chair. A l’issue du séquençage, différentes analyses bio-informatiques ont été réalisées afin d’identifier les espèces de Campylobacter isolées, d’identifier des similitudes de profils génétiques entre échantillons et de détecter la présence de gènes potentiellement impliqués dans les mécanismes de résistances aux antibiotiques. Les résultats montrent que deux espèces bactériennes ont été séquencées : Campylobacter jejuni et Campylobacter coli. La comparaison des profils génétiques des différents échantillons suggère que les bactéries isolées sont génétiquement très proches. Il est donc possible que des bactéries issues de différents échantillons aient une origine commune. De plus, l’annotation génétique des séquences a révélé la présence de gènes potentiellement impliqués dans les mécanismes de résistances aux antibiotiques dans la quasi-totalité des échantillons (34/37).
Source: HAL
Author: Riauté, Camille
Institution: Oniris
Language: French
Subfield: Food Science
Domain: Life Sciences
Open Access status: green
OpenAlex ID: W7223163329