Détection de la résistance génotypique au pyrazinamide des mycobactéries du complexe tuberculosis, mise en place du séquençage du gène pncA au CHU de Poitiers
Year: 2026
Type: dissertation
Abstract: La tuberculose est une maladie infectieuse liée aux mycobactéries du complexe tuberculosis (MTBC). Aujourd’hui encore, il s’agit d’une pathologie fréquente dans le monde qui représente un problème majeur de santé publique, accentué par l’émergence de résistances aux antibiotiques. Ce travail de thèse a été motivé par la récurrence de notes de réactovigilance de la société Becton Dickinson informant sur de fausses résistances des kits BD BACTEC™ MGIT™ 960 PZA utilisés dans la détection phénotypique de la résistance au pyrazinamide (PZA). Le gène pncA étant impliqué dans 70 % à 100 % des cas dans la résistance à cet antibiotique, le séquençage de celui-ci pourrait permettre de déterminer la résistance génotypique des souches de MTBC en cas de rupture de réactifs. L’objectif de ce travail était de mettre en place en routine le séquençage du gène pncA par méthode Sanger au laboratoire de mycobactériologie du CHU de Poitiers. Deux techniques d’amplifications par PCR en point final et temps réel ont été évaluées sur un panel de souches de MTBC sensibles et résistantes au PZA après contrôle auprès du Centre National de Résistance. Le seuil de détection d’une hétérorésistance ainsi que de la sensibilité du séquençage après chacune des deux techniques d’amplification a également été évalué. Les résultats montrent par méthode PCR en temps réel, un meilleur taux de succès, une bonne qualité des données de séquençage obtenues au prix d’un temps technique plus réduit que par méthode en point final, faisant de cette technique la méthode de choix pour le séquençage du gène pncA dans notre laboratoire. L’hétérorésistance est détectable dès la présence d’au moins 30 % de souches mutées, quelle que soit la méthode d’amplification utilisée. Le seuil de sensibilité est d’au moins 1 ng/μL d’ADN de MTBC, quelle que soit la méthode d’amplification utilisée.
Source: HAL
Author: Gillet, Augustin
Institution: Université de Poitiers
Language: French
Subfield: Infectious Diseases
Field: Medicine
Domain: Health Sciences
Open Access status: green
OpenAlex ID: W7223629639