Year: 2016
Type: dissertation
Abstract: Cattle have been important domestic animals for human culture and society especially for milk, meat and transportation.Genetic variation within and between cattle breeds has been investigated using blood groups, microsatellites and mitochondrial DNA.One recently used marker for genetic characterization of cattle breeds is Copy Number Variation (CNV).CNV refers to chromosomal structural variation and is defined as chromosomal regions which are repeated and the number of repeats can vary between individuals and breeds.Studying the cattle genome and CNV's will improve knowledge about the CNV influence on phenotypic attributes.In this research work, CNVs from 10 Eurasian cattle breeds have been identified using data of approximately 50 000 SNP-markers (Single Nucleotide Polymorphisms) The breeds studied were Northern Finncattle, Western Finncattle, Eastern Finncattle, Finnish Ayrshire, Yaroslavskaya cattle, Kalmykian cattle, Yakutian cattle, Ukrainian Grey, Podolian cattle and Busha cattle.The CNVs were detected using PennCNV and CNVRuler programmes to detect gain or loss of CNVs, while the Ensemble biomart programme was used for identification of genes showing CNVs, and the AgriGO programme for gene ontology the genes.In the SNP data, only 46 out of 225 cattle passed the standard filtering samples and most of the samples showed a low quality samples when applying default parameters of PennCNV.A total of 337 CNVs in 46 samples were detected.After gene ontology analysis, CNV variations were found in genes having the following functions: phagocytic vesicle membrane, MHC protein binding, immune system process, immune response, defense response, and also olfactory receptor activity, ion channel activity.УНИВЕРСИТЕТ ВОСТОЧНОЙ ФИНЛЯНДИИ, Факультет естественных наук и лесного хозяйства Программа Зеленая Биотехнология и Пищевая Безопасность Хамзина Айгерим: Вариации числа копий у Евразийских пород крупного рогатого скота.Магистерская диссертация, 44 страниц Руководители: Юха Кантанен,PhD, Профессор; Мелак Велденегодгуад, MSc; Розанна Авенто, MSc.16 Ноября, 2016 Ключевые слова: изменение числа копий (CNV), породы крупного рогатого скота, ДНК, ген, однонуклеотидный полиморфизм (SNP) АБСТРАКТ Крупный рогатый скот является важным из одомашненных животных для человеческой культуры и общества, особенно использование молока, мяса, в качестве тягловых животных и транспортировки.Генетическая изменчивость внутри и между породами крупного рогатого скота было исследована с использованием групп крови, микроспутников и митохондриальной ДНК.Недавно начали использовать маркер для генетической характеристики пород крупного рогатого скота который называется -Copy Number Variation (CNV) или Вариации числа копий.CNV относится к хромосомным структурным изменениям и определяется как хромосомные области, которые повторяются, и число повторений может варьироваться между отдельными организмами и породами.В этой научно-исследовательской работе, CNV были идентифицированы с использованием данных приблизительно 50 000 SNP-маркеров (однонуклеотидные полиморфизмы) из 10 евразийских пород рогатого скота, таких пород какСеверно-финская, Западно-финская, Восточно-финская, породы финский Эйршир, Ярославская порода, Калмыкская порода, Якутский порода, Украинская Серая порода, Подольская порода и порода Буша.CNV были обнаружены с помощью программы под названием PennCNV для обнаружения CNV и CNVRuler для обнаружения добавления или удаления CNV.был использован для идентификации генов, Ensemble biomart показывает гены в которых нашли CNV и последняя программа AgriGO для определения функции этого гена.В данных SNP, только 46 из 225 организмов прошли стандартные образцы фильтрации и большинство образцов показало низкое качество при применении параметров PennCNV.В общей сложности были обнаружены 337 CNVs в 46 образцах.После идентификации программой AgriGO CNV-вариации были обнаружены в генах, имеющих следующие функции: фагоцитарную мембранных везикул, MHC связывания с белками, системный процесс иммунной, иммунный ответ, защитную реакцию, а также обонятельную рецепторную активность и активность канала ионов.ШЫҒЫС ФИНЛЯНДИЯ УНИВЕРСИТЕТІ, Жаратылыстану ғылымдары және орман шаруашылығы факультеті Жасыл Биотехнология және Тағам Қауіпсіздігі бағдарламасы Хамзина Айгерим: Евразиялық ірі қарамалтұқымдарыныңкөшірмелерісанының вариациялары Магистрлік диссертация, 44 бет Ғылыми жетекшілер: Юха Кантанен, PhD, Профессор;МелакВелденегодгуадMSc; Розанна Авенто, MSc.16 Қараша, 2016 Түйін сөздер: көшірмелері санының вариациялары (CNV), ірі қара мал, ДНК, ген, бірнуклеотидті полиморфизм (SNP) ТҮЙІНДЕМЕ Ірі қара мал, әсіресе сүт және ет өнімдерін пайдалануда адамзат мәдениеті мен қоғам үшін маңызды қолға үйретілген жануарлар болып табылады .Мал тұқымдарының ішіндегі және арасындағы генетикалық өзгерістер қан топтарын, микросеріктерді және митохондриялық ДНК-ны қолдану арқылы зерттелді.Жақында мал тұқымды генетикалық сипаттамалары үшін Көшіру саны Вариациялық ( CNV ) немесе көшірме нөмірі ауытқуы -деп аталатын маркер қолдана бастады.CNV құрылымдық хромосомалық өзгерістерге жатады және қайталанатын хромосомалық облысының ретінде анықталады,сонымен қатар қайталау саны жеке организмдер мен түрлер арасындағы әр түрлі болуы мүмкін.Осы ғылыми-зерттеу жұмысында CNV шамамен 50,000 SNP маркерлердің (бір нуклеотидті полиморфизмдер) деректерін пайдалана отырып, 10 Еуразиялық мал тұқымдарынан, Солтүстік Финляндия, Батыс Финляндия, Шығыс Финляндия сияқты, фин Эйшир, Ярославль өсіру қалмақ тұқымды саха тұқымды украин сұр тұқымды, тұқымы және Подольский Буш тұқымы, анықталды.CNV PennCNV бағдарламасы көмегімен анықталды және CNVRuler бағдарламасы CNV қосылу немесе жойылуын анықтау үшін пайдаланылды.Ensemble biomart CNV анықталған гендерді көрсетеді және AgriGO бағдарламасы осы генінің функциясын анықтау үшін қолданылды.225 үлгінің ішінен тек қана 46 үлгі анықталғаннан кейін, параметрлерінің сапасы төмен стандартты сүзгілеу үлгілері жіберілді.Жалпы алғанда 46 үлгіден 337 CNV табылды.AgriGO анықталғаннан кейін, біз фагоциттік мембрананың, MHC -тың ақуыздық байланысы, иммундық жүйенің процессі, иммундық реакция, қорғану реакциясы, сондай-ақ рецептордың иіс сезім белсенділігі, ионды арнаның белсенділігі секілді бірқатар маңызды функцияларды анықтадық.
Author: Aigerim Khamzina
Language: English
Subfield: Genetics
Domain: Life Sciences
SDG: Zero hunger
Open Access status: green
OpenAlex ID: W3097685019