Modélisation Multi-échelle et Analyse d'Assemblages Macro-moléculaires Ambigus, avec Applications au Complexe du Pore Nucléaire
Year: 2011
Type: dissertation
Abstract: La génomique structurale a donné accès à un nombre remarquable d informations sur le protéome. De nature essentiellement combinatoire il apparaît que certaines protéines interagissent en complexe, elles gagnent à être complémentées par des modèles tridimensionnels pour étendre la connaissance jusqu au niveau structural. Récemment, de tels modèles ont été reconstruits pour le pore nucléaire, en intégrant diverses données biophysiques et biochimiques. Cependant, la nature qualitative de ces modèles empêche une complète synergie entre ceux-ci et les données expérimentales. Cette thèse propose trois développements répondant à ces limitations. Pour le moment nous introduisons les modèles tolérancés pour représenter des formes aux contours incertains par un continuum de modèles. Nous montrons qu un modèle tolérancé est équivalent à un diagramme de Voronoï additif multiplicatif, et nous développons le -complexe, l équivalent de l a-complexe, pour un tel diagramme. Deuxièmement, nous utilisons les modèles tolérancés pour représenter des assemblages protéiques. Nous expliquons comment un modèle tolérancé peut être utilisés pour évaluer la stabilité des contacts entre les protéines et pour valider la cohérence d un tel modèle vis-à-vis de données expérimentales. Troisièmement, nous proposons des outils pour comparer des graphes de contact entre protéines, issus d une part d un modèle tolérancé, et d autre part d un modèle connu à résolution atomique. L ensemble de ces concepts et outils est utilisés pour sonder les reconstructions du pore nucléaire mentionnées ci-dessus.
Author: Tom Dreyfus
Language: French
Subfield: Molecular Biology
Domain: Life Sciences
Open Access status: green
OpenAlex ID: W418973527