Year: 2022
Type: conference-paper
Abstract: Em bioinformática, existem vários programas disponíveis para análise de sequências de DNA. Esta é geralmente uma tarefa muito demorada, uma vez que essas sequências de DNA podem ser muito longas e complexas. O montador Velvet foi projetado para montar dados de sequenciamento de leitura curta e longa em sequências genômicas mais longas. A última versão do Velvet foi desenvolvida para funcionar com várias threads usando programação paralela com OpenMP. Aqui apresentamos uma nova versão do Velvet que explora multiprocessamento e unidades de processamento gráfico (GPU) por meio de diretivas OpenACC. Nossos testes demonstram que essa extensão do Velvet permite um desempenho mais rápido e uso de memória mais eficiente.
Authors: Evaldo B. Costa, Gabriel P. Silva
Institution: Universidade Federal do Rio de Janeiro
Language: Portuguese
Subfield: Hardware and Architecture
Field: Computer Science
Domain: Physical Sciences
Open Access status: bronze
OpenAlex ID: W4302004652