Year: 2008
Type: article
Abstract: SEKWENCJONOWANIE DNA Z BŁĘDAMI NEGATYWNYMI ORAZ INFORMACJĄ.O POWTÓRZENIACH Streszczenie.W pracy przedstawiony jest algorytm typu podziału i ograniczeń dla problemu sekwencjonowania przez hybrydyzację z błędami negatywnymi oraz częściową informacją o powtórzeniach.Uwzględnienie tego rodzaju infor macji możliwe jest ze względu na rozwój technologii stosowanej w eksperymen cie hybrydyzacyjnym.Prowadzi ono do rozszerzenia standardowej wersji meto dy sekwencjonowania przez hybrydyzację oraz do polepszenia jakości uzyskiwa nych rozwiązań.DNA SEQUENCING WITH NEGATIVE ERRORS AND INFORMATION ABOUT REPETITIONS Summary.In this paper a branch and bound algorithm for sequencing by hybri dization problem with negative errors and partial information about repetitions is presented.Taking into account information o f this type is possible because of the development o f the technology used in the hybridization experiment.It leads to an extension o f the standard sequencing by hybridization method and to an improvement o f the quality o f the obtained results.1. Wstęp Jedną z metod sekwencjonowania DNA jest sekwencjonowanie przez hybrydyza cję [1,5], Metoda ta składa się z dwóch faz: biochemicznej i obliczeniowej.W pierwszej z nich przeprowadzany jest eksperyment hybrydyzacyjny z pełną biblioteką oligonukleotydów o pewnej ustalonej długości Z, nazywanych /-merami.W wyniku przeprowadze nia tego eksperymentu otrzymuje się zbiór, nazywany spektrum, który zawiera wszystkie podciągi o długości Z możliwe do wyróżnienia w analizowanej sekwencji DNA.Tak jest w przypadku idealnym, który jednak nie musi zachodzić w praktyce.W rzeczywistym eksperymencie hybrydyzacyjnym mogą bowiem wystąpić błędy dwojakiego rodzaju: negatywne i pozytywne.Spowodowane są one niedoskonałością procesu hybrydyzacji.W przypadku błędów negatywnych spektrum nie zawiera pewnych Z-merów, mimo że występują one w badanej sekwencji, natomiast błędy pozytywne oznaczają, że spektrum zawiera Z-mery, których w badanej sekwencji nie ma.Istnieje jeszcze jeden rodzaj błę dów -są to również błędy negatywne, lecz wynikające z powtórzeń pewnych podciągów o długości co najmniej Z w analizowanej sekwencji DNA.Występowanie tych błędów
Language: Polish
Subfield: Theoretical Computer Science
Field: Mathematics
Domain: Physical Sciences
Open Access status: green
OpenAlex ID: W950516895